Das CRP wird als Screeningparameter bei vermuteten Infektionen , , entzündlichen , rheumatischen oder auch malignen und traumatischen Erkrankungen eingesetzt. Ähnlich wie die BSG (BSG-Erhöhung) ist es zwar wenig spezifisch, aber dennoch im klinischen Alltag ausgesprochen wertvoll als Indikator sowohl des Vorhandenseins wie auch des Ausmaßes einer entzündlichen Reaktion. Es dient darüber hinaus beispielsweise bei Fieber zur orientierenden Unterscheidung zwischen einer bakteriellen und viralen Infektion und ; CRP-Werte > 100 mg/l sprechen gegen eine virale Infektion. Als weiterer Entzündungsparameter kann ggf. das Prokalzitonin bestimmt werden, das typischerweise bei bakteriellen Infektionen erhöht ist. Bei lokal begrenzten Entzündungen bei Leberinsuffizienz oder unter Immunsuppression sind deutlich geringere CRP-Anstiege möglich . Gegenüber der BSG hat das CRP den deutlichen Vorteil des rascheren Ansprechens; allerdings kann im Frühstadium auch bei schweren Infektionen das CRP noch normal sein, was bei der Erstuntersuchung zu einer Fehlinterpretation oder Unterschätzung des Krankheitsbildes führen kann.

CRP-Werte über 10 mg/l ( und ) zeigen in aller Regel einen klinisch signifikanten Entzündungsprozess oder auch ein Tumorleiden an. Werte zwischen 5 und 10 mg/l sind vieldeutig und können neben geringgradigeren Entzündungsprozessen beispielsweise auch durch Zigarettenrauchen, Alkoholabusus, Adipositas, Diabetes oder eine geringe körperliche Aktivität ausgelöst werden . Nach neueren Untersuchungen zeigt bei Gesunden ein CRP von > 4 mg/l darüber hinaus ein erhöhtes Myokardinfarktrisiko an.

Diskrepanzen zwischen einer erhöhten BSG und einem normalen CRP-Wert können Ausdruck einer „falsch positiven“ BSG sein, sind andererseits bei bestimmten Erkrankungen aber durchaus häufiger anzutreffen. So liegt beispielsweise bei Patienten mit einem aktiven Lupus erythematodes häufig ein normales CRP, aber eine erhöhte BSG vor. Bei der Polymyalgia rheumatica und der Arteriitis temporalis dagegen scheint das CRP besser als die BSG die Krankheitsaktivität abzubilden; bei der Polymyalgie beispielsweise sollen 7–20 % der Patienten normale BSG-Werte aufweisen .